【員工薪水怎麼扣稅、何時申報？老闆必懂的薪資扣繳 5 件事】

公司聘用員工後，就成為扣繳義務人。本文整理薪資扣繳、扣繳憑單期限、講師費分類、虛報薪資與二代健保等五項常見風險。

文章日期：

2026-08-25

請了第一位員工，老闆就默默多了一個法律身分：扣繳義務人。聽起來很官方，講白了就是——員工的薪水，公司有責任先「代扣」一筆稅、再幫員工申報。每個月發薪時要不要先扣、什麼時候要把扣繳憑單報出去、外聘講師費算薪資還是講演鐘點費、二代健保怎麼算，這些搞錯了補稅事小，逾期不報會被罰，虛報更可能踩到刑責。

以下以一般公司、有員工、曆年制為例，把薪資扣繳最常踩到的五件事講清楚（以現行所得稅法、各類所得扣繳率標準為準）。

一、員工薪水，發的時候判斷是否要先扣稅

給付中華民國境內居住的個人每月薪資時，扣繳方式可以二擇一：按「薪資所得扣繳稅額表」查，或直接按全月給付總額扣 5%。不過設有免扣繳門檻——每次應扣稅額不超過 2,000 元的，可以免扣繳。

要提醒的是，免扣繳不等於免申報。115 年度起，免稅額每人 101,000 元、薪資所得特別扣除額每人 227,000 元，換算下來扶養 0 人的員工每月應稅所得要到約 90,501 元才到起扣點，所以中低薪同仁常常算下來免扣繳——但仍然要列單申報，這點最容易被忽略。

另外，薪資扣繳不是單純看「本國籍」或「外國籍」，而是要先判斷所得人是否屬於中華民國境內居住之個人。例如外籍員工、短期來臺工作者、跨年度居留天數接近 183 天者，都建議在發薪前先確認扣繳身分；非居住者薪資原則上有不同扣繳率，不能直接套用一般本國員工的扣繳方式。

二、扣繳憑單有「申報期限」，逾期就會被罰

扣繳這件事有幾個動作與deadline：如果公司當月有代扣所得稅，原則上要在次月 10 日前向國庫繳清；年度結束後，每年 1 月底前要彙報扣繳憑單，2 月 10 日前要把憑單填發給員工（遇連續國定假日會順延幾天）。

罰則分兩種情況。應扣未扣或短扣的稅，國稅局會通知限期補繳稅款及補報扣繳憑單；若限期不補繳，最重可按應扣未扣或短扣稅額處 3 倍以下罰鍰；已經扣了卻沒依限填報憑單，會處 1,500 元至 20,000 元罰鍰，經限期仍不報，加重到 3,000 元至 45,000 元。

實務上若金額很小（例如應扣未扣在 3,000 元以下）且在限期內補正，多半可以免罰，但別把它當常態。

三、「鐘點費」不一定是稿費，最容易報錯

這是最常報錯的一塊，關鍵在「給誰、做什麼、活動性質是授課還是講演」：

公司請人來幫員工上課、訓練的鐘點費 → 屬薪資所得（代號 50），要扣繳及申報
公司聘專家做專題演講的鐘點費 → 屬執行業務所得（代號 9B），和稿費、版稅等合計每年 18 萬元以內免稅

很多人把所有外聘講師費都當「稿費」或9B申報，但只要是對自家員工授課，性質就是薪資，報成 9B 被查到要改正補稅。判斷標準是：薪資是職務上、工作上的勞務報酬，並不以僱傭關係為唯一標準。

四、虛報薪資、借人頭，是踩刑責紅線

用親友、人頭的身分謊報員工薪資來灌費用、逃漏營所稅，屬已申報而短漏報，補稅外處所漏稅額 2 倍以下罰鍰；未申報者處 3 倍以下罰鍰，

更嚴重的是，若涉及以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐，負責人可能產生刑事責任。曾有民眾只是提供身分證供公司虛報薪資，就被判 8 個月徒刑；協助的記帳業者、會計師還會被加重其刑。省下的那點營所稅，遠遠不及被抓到的代價，這是完全不值得碰的紅線。

五、別忘了二代健保補充保費

公司作為投保單位，每月要檢查「支付薪資總額」是否高於「當月受僱者投保金額總額」。如果有差額，應按差額繳 2.11% 的雇主補充保費。注意，雇主補充保費是公司的額外負擔，不是從員工薪水裡扣。

這在「高薪低報」時特別明顯：薪水照實發、投保卻報得低，差額越大、公司要繳的補充保費就越多。個人這端也別忘了：員工的獎金，全年累計超過當月投保金額 4 倍的部分要扣補充保費；兼職、執行業務、股利、利息、租金等所得，單次給付達一定金額也要就源扣 2.11%。這筆錢公司是扣繳義務人，沒扣到一樣要自己補。在二代健保補充保費制度下，公司應稱為「扣費義務人」或「扣費單位」，不要和所得稅的「扣繳義務人」混淆。